二代健保補充保費制度的實施，將固定薪水以外的六類所得或收入納入加收補充保費的範圍：【高額獎金、兼職薪資所得、執行業務收入、股利所得、利息所得、租金收入】，依健保法規定，單次給付金額最多僅採計到1,000萬元，超過1,000萬元的部份及未達一定金額者，免予扣取補充保費。另投保單位(雇主)每月所支付薪資總額與其受僱員工當月投保金額總額間之差額，亦增列為計費基礎，須收取補充保費。 而自104年1月1日起，衛福部宣布【二代健保補充保費】全面放寬「中低收入民眾」補充保費扣費標準，執行業務收入、股利所得、利息所得及租金收入，單次給付金額未達「基本工資」，免予扣取補充保費。
⊙補充保費＝(當月支付薪資所得總額－受僱員工當月投保金額總額)×費率
⊙二代健保保險費＝【一般保險費】 + 【補充保險費】 ⊙補充保費＝六類所得須計收補充保費的金額×補充保費費率 註：六類所得未達需計收的金額者，免扣取補充保費